工業客戶管理最典型的挑戰，來自企業組織設計多以「產品」為主軸，也可以稱之為「產品導向」的組織。但是中大型客戶的需求，通常涵蓋兩種以上的產品線。當客戶期望供應商能提供單一窗口服務（one-stop
service）時，需要的是以「客戶」為主軸的組織設計，也就是一位能夠真正解決問題的客戶經理（Account
Manager）或業務代表（Sales
Representative）。
基本上「產品導向」和「客戶導向」的組織設計，是兩種不同的概念，以至於工業客戶管理的實務上，經常發生資源整合的困難和溝通協調的障礙。
舉例來說，A公司針對3種產品線（產業應用），畫分了3個事業部，每一類產品線的專家，理所當然的會出現在3個不同的事業部。然而A公司的前10大客戶幾乎都有「跨產品線」的需求，要找一位合適的「跨產品線」客戶經理就成了一大挑戰。
就產品的專業知識來說，這位客戶經理很難在任何一種產品線成為公司裡「最懂產品」的人，這一點包括客戶都清楚。就組織內的職權來說，這種吃力不討好的整合者角色，許多公司又將它指派給有潛力、肯吃苦的第一線員工。而他們不但沒有實質指揮其他部門的權力，也比公司內的許多產品專家資淺。
當客戶有特殊或緊急需求時，這位既不是最懂產品、也不是最有權力的客戶經理，指揮調度資源的效果被打上很大的問號。即便公司政策高喊「客戶第一」，但是問題發生的第一現場，會真實反映組織設計的弱點，騙不了人也做不了假。
企業組織和制度的設計，原本就是一種「取捨（trade-off）」。所有的營運活動都是在不完美的環境下，找尋較佳（而不是完美）的運作方式。上述「產品導向」的組織設計，可能會在研發、製造等面向帶來更大效益，因而成為業務團隊必須接受的「不完美」組織環境。兩個可能的調整因應方向是：
一、提高客戶經理在組織內的實質權力（職級／權限），讓他在客戶真正需要救火的時刻，可以發揮足夠的影響力。否則，當客戶發現「單一窗口」只是口號，還是會求助真正掌握資源的人，而不是客戶經理。
二、客戶經理必須深入客戶的產品應用情況，以客戶所屬產業為核心來累積專業知識（而非以自身產品為核心）。既然客戶經理不會是「最懂產品」的人，至少他要成為組織中「最懂客戶」的人。
正因為組織運作充滿這麼多缺陷，實務狀況和教科書裡的完美理論又有這麼大的差距，好的管理才會如此有價值。
